《石渠宝笈·秘殿珠林》两书初编、续编、三编的编纂，前后经过了七十四年的时间，可以算是我国收藏史上的一个伟大的工程。《石渠宝笈》各编均按照书册、画册、书画合册；书卷、画卷、书画合卷；书轴、画轴、书画合轴九类区分。每类中又按照作品之珍贵程度分成上、次两等。上等者将作品的质地、尺寸、款识、印章、题跋等一一记录；次等的作品记录则内容稍简。入目的书画作品在书中还分别注明收贮的处所，如：乾清宫、养心殿、三希堂、重华宫、御书房等，以备点查。凡是经《石渠宝笈》著录的书画作品上，就会加钤清宫收藏的印记。
　　《石渠宝笈》初编共四十四卷，续编共四十册，三编共二十八函、一百十二册，可谓洋洋大观。全书编就之后，由专人用工整的楷书缮写成朱丝栏抄本，装册分函郑重保存，深藏于宫中，外人无从得其详。清朝灭亡后，于民国初期的1918年涵芬楼曾经将《石渠宝笈》的初编和二编石印出版，此为最早刊布的这部著录书的出版物；后来又有有正书局石印本、开平谭氏影印本等；至1969年台北故宫博物院又将《石渠宝笈》三编影印出版，并且加上了索引，得以使公众了解该书的全貌和方便使用。
　　 众所周知，晚清和末代皇帝溥仪退位后居住紫禁城时期，宫廷中制度松弛，后又加上溥仪以赏赐之名，将原先宫中所藏珍贵文物（包括书画作品）转移出去，或变卖、或藏匿；伪满洲国崩溃时，溥仪携往长春的大量书画作品又遭厄运，至使《石渠宝笈》一书中著录的许多作品散佚，流落民间。所以，此后有人专门比对《石渠宝笈》原书，将这段时间里佚失的书画作品编成《故宫已佚书画目录四种》（1934年）；《故宫已佚书画闻见录》（王以坤编、1953年）；再后又有冯华编就《秘殿珠林石渠宝笈索引》一书出版（紫禁城出版社，1994年），方便研究与查找。这些都可以视为《石渠宝笈》和《秘殿珠林》的后续产品。
　　《石渠宝笈》这套著作的价值随着近年书画拍卖市场的活跃、红火，也日益飚升，引起了除研究者之外的人们的关注。收藏家们把它作为一个巨大的矿藏，不断加以发掘。拍卖的书画作品，凡是经过《石渠宝笈》著录的，似乎像是上过了保险那样，身价马上就不同了。
　　《石渠宝笈》的价值确实是有目共睹的，具有很高的使用频率，一般来说，凡是经过此书著录的作品都应当是很珍贵的，具有很高的艺术、历史和文物价值。但它又不可能是绝对保险的。现在看来，《石渠宝笈》一书中对作品作者的认定、对作品时代的判断、对作品真伪的鉴别，都不是百分之百准确的，这已是被当代许多研究者所证明了的。再有，收入《石渠宝笈》一书中的清朝书画作品只是当时画坛中的很少一部分。诸如出于政治原因，“四僧”中的八大山人（朱耷）、髡残、弘仁的画幅是见不到的；又如出于艺术门派的因素，“金陵八家”和“扬州八怪”之类的作品也是不能进入该书的；出于政治和艺术趣味的双重考虑，明朝宫廷绘画的作品亦很少被《石渠宝笈》所收载。例如，近年曾见于拍卖市场的一幅明朝宫廷画家何浩的作品《松图》卷，而在《石渠宝笈》中就将何浩此人作为宋朝的画家了，其时代的判断出现了明显的差错。另外，清朝很多供职宫廷的职业画家的作品，大概是由于对编著者来说是司空见惯，太熟悉不过的，所以收入该书的也只是其中的一部分，而相当多的画幅失载。比如王翬等画家合作的十二巨卷《康熙南巡图》以及郎世宁所画的“双胞胎”《平安春信图》轴，两幅作品就都没有被《石渠宝笈》所记录，这样的例子还有很多。
　　所以笔者认为广大的研究者和收藏家们在借助《石渠宝笈·秘殿珠林》时，需要避免以下的误区：凡是经过《石渠宝笈》著录的书画作品，就毫无疑问一定是价值连城的珍品；反过来说，但凡没有被收入《石渠宝笈》中的书画作品，就无足轻重。关键还在于书画作品本身的真伪和质量。当然，进入《石渠宝笈》一书的书画作品，无论如何，起码已经有近三百年的历史了，大家关注这一点，也是非常自然的事。
御书禅语
御笔达摩
御笔罗汉
御笔吕岩
御笔钟离
书药师经
书普门品
书金刚经
书心经
书陀罗尼经二卷
书仁王经一卷
书金刚经一卷
书心经十六卷
书心经塔八轴
书心经题观音像
书心经塔六轴
书药师 经塔二轴
书金刚经塔一轴
书心经扇一柄
书南斗经
书伏魔广济经二册
书玉枢宝经
书真武经
书常清净经二册
书道德宝章
书北斗经
书赤文洞古经
书常清净经
临董其昌书大道赞
书金刚经二册
书古德颂
书证道歌八轴
临赵孟俯道德宝章
临董其昌天隐子序
临董其昌云笈帖
御赐皇上妙法莲华经
御书心经并绘大士像
御临赵孟俯心经并绘大士像
御书陀罗尼经并绘大士像
御临赵孟俯四十二章经
御书佛说闲首经
御书佛说阿弥陀经
御书弥勒上生经
御书心经并绘大士像二卷
御临黄庭坚开堂疏
御临黄庭坚七佛倡
御临苏轼极乐道场二卷
御书心经塔
御书心经并朱笔绘大士像
御书心经并绘大士像三轴
御书心经一轴
御书八大人觉经
御书金刚经塔一轴
御笔金书金刚经塔一轴
御临贯休古佛像
御笔古罗汉一轴
御笔临董其昌观音像二轴
御书太上护命妙经
御书常清净经
御临董其昌阴符经
御临董其昌三元宝诰
御书玉皇经
御书黄庭内景经
御书黄庭外景经
御临赵孟俯黄庭外景并绘老子像
御笔吕岩图
书楞严经
记白居易书楞严经
跋赵孟俯书心经
书心经
跋白居易书楞岩经
书金刚经一套
记赵孟俯书心经
书四十二章经
跋文征明书金刚经一套

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